El museo había sido concebido no sólo como un lugar de exhibición e investigación, sino como un verdadero mausoleo que debería contener, respetuosamente, la sepultura del Señor de Sipán. Así, se plantearon 10 grandes unidades temáticas: La Cultura Mochica, el Santuario de Sipán y las Tumbas Reales, la Investigación Arqueológica (métodos y procedimientos), La Tumba del Señor de Sipán, la Tumba del Sacerdote, otras tumbas, ls Tumba del viejo Señor de Sipán, Conservación y Restauración, la Tumba Saqueada y las recuperaciones, y el Mundo Mochica. Obviamente, cada una de estas unidades debía responder a requerimientos de espacio, seguridad e iluminación entre otras prioridades.
Con el terreno ya conseguido, faltaba ahora financiar la construcción. se pensó entonces en el Comité del Fondo Contravalor Perú – Suiza, el cual por medio del embajador de la Confederación Suiza, el señor Eric Martin, aceptó aportar la suma de 3.131 229 soles, a los que añadiría una contrapartida del Museo Bruning ascedente a 2.332500 soles generados por la exposición del Señor de Sipán en el Perú y el extranjero. La firma del convenio de donación se efectuó finalmente el 15 de abril del año 1999.
